Der har formodentlig været anløbssted for mindre skibe langt tilbage i historien omkring udløbet af Djurså, hvorigennem det var muligt at sejle helt op til Grenaas bymidte. Byen og havnen var i middelalderen et vigtigt handelsknudepunkt, hvor der blandt andet blev udskibet meget korn til Norge. Havnen er i flere omgange blevet renoveret, men forfaldt efterhånden i 1700-tallet.
I 1813 blev den første egentlige havn anlagt i Grenaa, men den blev allerede få årtier senere afløst af en ny havn, der denne gang blev anlagt ved Kattegats kyst i perioden 1874-1879.[3] I 1934 blev færgeruten Grenaa-Hundested indviet, og i 1960 åbnede færgeruten til Varberg... Og den eksisterer rent faktisk den dag i dag. Der har dog været pauser undervejs...
I 2000 blev havnen til et aktieselskab, og i de seneste år har flere store virksomheder, specielt inden for energisektoren, etableret sig på havnen.