Ø-Færgens administration står til at blive lagt sammen med Faaborg Havn for at spare penge på administrationen og for at løse problemet med en manglende overfartsleder, som Ø-Færgen ikke har haft siden april. Sammenlægningen vil i første omgang dog kun være organisatorisk, fordi en fysisk sammenlægning vil kræve en tilbygning til Ø-Færgens nuværende kontor, og det er dyrt.
Højsæsonen for Faaborg III starter i øjeblikket, og derfor vil sammenlægningen først ske til næste år. Sammenlægningen kræver nemlig nyt bookingsystem og informationsskærme, og det tager tid at indføre.
Selvom Ø-Færgens administration og Faaborg Havn bliver lagt sammen, skal deres økonomi stadig være særskilt.